국방부에 따르면 김학조 국제정책관은 8월 15일(토), 일본 고이즈미 방위대신이 야스쿠니 신사 참배를 강행한 것에 대해 주한 일본 방위주재관(나가요시 타케시 항공자위대 자위관)을 국방부로 초치하여 강력히 항의하였다.

김학조 국제정책관은 일본 방위대신이 과거 식민지 침탈과 침략전쟁을 미화하고 전쟁범죄자를 합사한 야스쿠니 신사참배를 강행한 것에 대해 개탄을 금할 수 없다고 유감을 표명하였다.

또한, 일본 방위대신의 야스쿠니 신사 참배는 한일 양국이 역사를 직시하는 가운데, 신뢰에 기반한 미래지향적 관계를 만들어 나가고자 하는 노력에 정면으로 반하는 것으로, 이에 대해 심각한 우려를 표명하였다.