질병관리청(청장 임승관)은 선박 검역을 감염병 위험도 중심으로 정비하고, 선박 위생관리체계를 세계보건기구(WHO) 기준에 맞추어 표준화하기 위한 「검역법 시행규칙」 일부개정안을 8월 31일(월) 공포한다고 밝혔다.

이번 개정안에 따라 선박 검역 시에는 상대적으로 위험도가 낮은 '검역관리지역' 선박도 선원을 교대할 때마다 일괄 승선검역을 실시해 왔으나, 이는 미국·일본 등 주요국에 비해 과도한 규제승선으로 해운업계의 불편과 검역관의 해상 승선 안전사고 우려가 제기되어 왔다.

검역감염병 위험도 기반으로 승선검역 기준이 조정된다. 2026년 10월 1일부터 선박 승선검역 대상에서 '검역관리지역에서 선원 교대가 있었던 경우'를 제외하고, 검역감염병 환자·사망자 발생 또는 매개체가 서식하는 경우, 선박위생증명서를 소지하지 않거나 유효기간이 지난 경우 등 검역감염병 전파 위험이 큰 '고위험 선박'에 승선검역을 집중 실시하도록 개선된다.

이를 통해 연간 약 1만여 척의 저위험 선박이 서류 심사만으로 신속히 입항하게 된다. 승선 대기시간 단축으로 선박의 '적기 입항·하역'을 지원하고 해운업계의 대기 손실을 최소화할 수 있다.

또한, 해상 줄사다리 승선에 따른 검역관 안전사고 우려를 해소하여 검역 현장의 안전성을 강화할 예정이다. 이번 개정은 검역조사 자체를 생략하는 것이 아니라 전수 전자 서류심사로 검역조사 방식을 전환하는 것이다.

서류의 사실 확인이나 보건상태 점검을 위해 필요한 경우 현장 보건위생조사를 즉시 병행할 수 있도록 관리체계를 유지한다. 아울러, 서류검역 전환에 따른 사각지대 발생을 방지하기 위해 올해 말부터 일부 선박을 무작위로 선정해 승선검역을 실시하는 표본조사 방식도 도입된다.

또한, 16년 간 동결되어 주요국보다 낮은 수준이었던 선박위생증명서 발급 수수료를 2026년 10월 1일부터 현실화한다. 그동안 낮은 수수료로 인해 입항 선박 대비 발급 비율이 약 8~10%에 달해 일본에 비해 2배 이상 발급 신청이 집중되는 쏠림 현상이 발생해 왔다.

이번 수수료는 해운업계의 의견 수렴과 입법예고를 거쳐 조정되었으며, 조정 이후에도 주요국 대비 낮은 수준을 유지하여 급격한 부담 증가를 방지한다. 선박 총 톤수별 수수료 부과 체계를 기존 5단계에서 총 6단계 구조로 세분화하였다.

2026년 12월 1일부터 음용수 분석 보고서 등 선박 위생과 관련된 사전 심사 서류를 질병관리청장이 정하도록 하여 선박 위생검사 절차를 표준화할 예정이다.

임승관 질병관리청장은 "이번 개정은 관행적 규제를 덜어내고 선박 검역체계를 '위험도 중심'과 '국제 표준'으로 전환하는 계기가 될 것"이라며, "서류검역 전환에 따른 사각지대 발생을 예방하기 위해 올해 말부터 무작위 표본조사 방식의 승선검역을 함께 도입하여 국경 검역의 안전성과 선박 입항 신속성을 균형 있게 확보해 나가겠다"고 밝혔다.