국토교통부에 따르면 청년월세 지원사업은 원활히 추진 중이며, 앞으로도 충실히 이행하겠다고 밝혔다.

2026년 9월 14일 조선일보에 보도된 바에 따르면, 내년에 신설되는 162조3000억원 상당의 미래대응기금으로 이관되는 사업의 3분의 1가량이 국회에서 반복적으로 문제를 지적받거나 집행 부진, 이월, 불용 등이 확인된 사업이라고 전했다. 청년월세 지원사업 또한 부처 자체평가에서 미흡하다고 판정받은 사업 중 하나로 언급되었다.

국토교통부는 청년월세 사업의 과거 평가 미흡은 사업 초기에 시스템 개통 지연에 따른 지급일정 연기 및 이월액 발생으로 인한 집행률 저조에 기인한 것이라고 설명했다. 이후 집행률은 2022년 14.2%에서 2025년 84.3%로 점차 개선되었으며, 2026년에 시행한 통합 재정사업 성과평가에서는 정상추진 판정을 받았다고 밝혔다.

또한, 미래대응기금에는 잠재성장률 제고 및 성장 과실의 세대와 지역 확산에 반드시 필요한 사업이 반영되었으며, 청년월세 지원사업 또한 제2차 청년정책 기본계획에 따라 소득요건 완화 등 지원대상을 확대해 반영되었다. 정부는 국회 예산 심사 과정에서 청년월세 사업의 반영 필요성을 상세히 설명하고 예산이 확정될 경우 사업이 차질없이 집행될 수 있도록 최선을 다하겠다고 강조했다.